Dans Molloy, de même qu'au long de la trilogie prise dans son entier, le lecteur assiste à une lente régression, tantôt drôle, tantôt inquiétante, vers un mystère indicible. Molloy, Malone meurt, L'Innommable ; rien qu'à la lecture des titres, on sent dans ce jeu de consonnes liquides et molles que quelque chose se délite, fuit, glisse vers le néant...

En ce sens, Molloy, de même que Moran, l'étrange détective qui part à sa recherche, de même que dans les volumes suivants Malone et l'innommable, sont véritablement des «épuisés», comme disait Gilles Deleuze (Beckett et Deleuze, 1992). Dans le premier volume qui retient plus particulièrement notre attention, Molloy et Moran jouissent encore, même si elle décline peu à peu, de la faculté de se mouvoir (alors que Malone sera cloué dans son lit, l'innommable englué dans un non-lieu...). Ils mettent alors en œuvre un désir forcené d'épuisement, épuisement du lieu, de l'espace qui s'offre à eux. Molloy, ayant mis au point une ingénieuse et dérisoire technique pour pédaler malgré son pied bot, arpente à bicyclette avec frénésie ce qu'il nomme, sans vraiment la nommer, «sa région», vaguement en quête de sa mère à qui il veut extorquer un peu d'argent, jusqu'à ce qu'il oublie même ce prétexte, traverse en soliloquant des paysages monotones, erre en vain. Son errance acquiert une dimension existentielle, au rythme des allusions bibliques qui parsèment le récit. Mais personnages et événements s'estompent lentement, et finalement seul reste le désert, «une Égypte sans bornes, sans enfant et sans mère» (Beckett, 1951: 89); «sans limite de stations ni espoir de crucifixion, (…) sans Simon» est son calvaire (Beckett, 1951: 106). Tout ce qui fait une histoire, tout ce qui rend une terre habitable, paraît se dérober sous les pieds du personnage comme un tapis que l'on retire. Son désir maladroit d'épuisement sombre dans l'inépuisable, qui est peut-être l'autre nom du néant. Et pourtant... Sa chute dans un abîme sans fond, malgré tout, n'est pas sans quelques instants de «répit», à savourer le simple bonheur d'être là et à se défaire de la volonté de connaître, instants où Molloy sent une joie mystérieuse à s'abandonner au soleil, à la nuit, à la terre, à ces grandes figures bienveillantes de l'altérité. Ainsi de cet « instant doré » alors que retenu dans un commissariat de police il est caressé par un rayon de soleil: «Oublieux de ma mère, libéré des actes, fondu dans l'heure des autres, me disant répit, répit.» (Beckett, 1951: 27)

Dans la seconde partie du roman, apparaît Moran, bourgeois quelconque, détective à ses heures et malgré lui, sur ordre d'un patron dont il n'a jamais pu s'assurer de l'existence. Bien qu'il se confonde au fur et à mesure avec Molloy à la recherche duquel il est contraint de partir, et qui est comme son double psychique, il est dépeint tout en contraste avec ce dernier. Molloy ne possédait rien si ce n'est une bicyclette et des habits en loques, vagabondait sans cesse, nulle part chez lui ; Moran n'aspire à rien d'autre qu'à couler des heures paisibles dans le jardin de sa demeure campagnarde et cossue, qu'il quitte uniquement, lorsqu'il n'est pas obligé par quelque «mission» énigmatique, pour se rendre à la messe dominicale. Toutefois, il n'en est pas moins animé par un désir lancinant d'épuisement, d'inventaire, dont le symptôme dans ce cas précis est la mélancolie du propriétaire. En effet, il énumère à plusieurs reprises et notamment quand il se trouve loin de chez lui, avec un scrupule obsessionnel, ses «propriétés», son jardin, ses arbres, ses oiseaux, ses poules, ses abeilles, sa maison où il vit avec son fils et sa bonne, et même sa concession à perpétuité dans le cimétière du village : «Tant que durera la terre, cette place sera à moi, en principe.» (Beckett, 1951: 185) Mais, dans ce «tant que durera la terre», ne sent-on pas poindre l'appréhension refoulée de l'éphémère, de la perte, qui vient miner la tranquille assurance de ses listes ?

Molloy et Moran incarnent donc deux façons de dresser l'inventaire d'un espace déterminé, deux «tentatives d'épuisement d'un lieu» si on reprend la formule de Georges Perec : l'un, vagabond frayant avec la folie, se vouant à l'exploration dispersée d'une région indéterminée, indéterminable, qui se mue peu à peu en un désert sans bornes ; l'autre, petit bourgeois fumeur de cigares, comptabilisant avec angoisse ses possessions qu'il a dû abandonner à regrets. Plongée délirante dans l'oubli et spirale maniaque de la mémoire, qui semblent deux réponses, ou peut-être l'envers et l'endroit d'une même réponse, à une inquiétude essentielle quant à la réalité du monde et quant à sa part d'inconnaissable...